第1クール （第1話〜第13話） 第2クール (第14話〜第28話) 第3クール (第29話〜第39話) 第4クール (第40話〜第50話) 　 ■ザフト ■地球連合 ■オーブ ■アークエンジェル 　 ザフトの最新機MSであり、シン・アスカの搭乗機体。条約により核エンジンの使用が禁止された為、新たにデュートリオンビーム送電システムを採用している。これは遠隔地からワイヤレスでのエネルギーの供給を可能とする機構であり、これによって母艦が存在する限りエネルギー切れが（基本的にではあるが）無くなった。VPSと呼ばれる防御装甲を持ち、装備するシルエットにより、強度、耐久時間が異なる。シルエットシステムと呼ばれる武装換装機構を取り入れることにより様々な戦局応じて、瞬時に戦術を対応させることが出来る。 　 フォースインパルスガンダム ［ZGMF−X56S/α］ インパルスガンダムがフォースシルエットを装着した状態。高機動戦闘を重視した形態であり、ビームライフルとビームサーベルが主要武装。 ブラストインパルスガンダム ［ZGMF−X56S/γ］ ブラストシルエットを装着したインパルスガンダム。砲戦意識した装備形態であり、その重武装は絶大な火力を誇る。 ソードインパルスガンダム ［ZGMF−X56S/β］ ソードシルエットを装着したインパルスガンダム。そのコンセプトは接近戦仕様であり、巨大な対艦刀を2本装備している。 チェストフライヤー インパルスガンダムの上半身構成パーツ。ミネルバから射出される。 レッグフライヤー インパルスガンダムの下半身構成パーツ。コアスプレンダー、チェストフライヤーと合体してインパルスガンダムになる。 コアスプレンダー 小型戦闘機としても使用する事ができる独立型のコクピット。ミサイルランチャーや機関砲など武装は小型ながら充実している。 　 　 ザフトが開発した最新鋭セカンドシリーズMSの１機で、ザフトに復隊したアスラン・ザラが搭乗する。戦闘機型MAへの変形機構を持ち、高速高機動を誇るセイバーガンダムは、その機構をいかし、空中戦を得意とする。しかし、圧倒的な力を持つ、キラ・ヤマトのフリーダムの前に瞬時に敗れてしまう。 　 　 ザフトが停戦後に開発した新世代MS「ニューミレニアムシリーズ」の記念すべき第１期モデル。装備や武装を追加・変更することで様々な戦局面に対応することが出来る次期主力兵器。 　 　 ザフトが新たに開発したニューミレニアムシリーズMS「ザクウォーリア」の砲戦仕様。背部に高エネルギー長射程ビーム砲「M1500オルトロス」と大容量エネルギータンクを合わせた「ガナーウィザード」を装備し絶大な火力を誇る。ザクウォーリアのスタンダードカラーは緑色であるが、エース級パイロットや隊長クラスに限り、機体をパーソナル使用に変更することを許されているらしい。 　 　 ザクファントムは主に隊長クラスのパイロットが搭乗するザクの上位機種である。このスラッシュザクファントムは近接戦用パック「スラッシュウィザード」を装着した形態で、両肩にガドリングビーム砲と腰部に巨大なビームアックスを装備している。 　 　 ザクウォーリアの上位機種。主に指揮官クラスが搭乗する。ウォーリアと同じくバックパックの武装変更により様々な戦局に対応出来る。その属性からパーソナルカラーの機体が多い。 　 　 ザフトのディオキア基地の、慰問ライブにて使用された機体。機体はラクスのイメージカラーであるピンクに塗られ、カラフルな特殊マーキングが施されている。 　 　 ザフトが開発したザクに続く新型ＭＳ。オレンジのカラーリングを基調とした機体はハイネ専用機である。主武装は、剣と両腕に装備されたヒートロッド、４連重突撃銃と重武装を誇る。また背部に飛行ユニットを装備しており、有重力下に於いてディンの空中機動性能とザクファントム以上の格闘性能を併せ持つスペシャルな機体となっている。 　 　 ザフトが誇る大気圏内の空中戦が可能な最新鋭の可変MS。ディンに変わり配備されつつある。MA形態時には攻撃力が前面に集中され、その力はディンを遥かに上回る。 　 　 ザフトの重ＭＳ、ザウートの改良型。両肩のキャノンがビーム砲に２連副砲が大型ミサイルに変更される等、ザウートに比べ火力がより強化されている。 　 　 ガンダムの運用艦として建造されたザフトの新鋭艦。デュートリオンビーム発信機を持ちインパルスガンダムにエネルギーを供給する。足自慢と呼ばれるだけあって、機動力は高く、また、多数の火器を装備し、戦闘力も高い。大気圏突入能力を持ち万能艦として、ザフトの旗艦にふさわしい能力を持つ。