第1クール （第1話〜第13話） 第2クール (第14話〜第28話) 第3クール (第29話〜第39話) 第4クール (第41話〜第50話) 　 ■ザフト ■地球連合 ■オーブ ■アークエンジェル 　 ザフトが地球連合軍との戦いに終止符を打つべく開発した最新ＭＳ。インパルス等の「セカンドステージ-シリーズ」を遙かに凌駕する機体性能を持っている。その開発にはギルバート・デュランダルが関与していたらしい。秘めたる力にコーディネイターの未来の礎を託さんとシン・アスカに与えられる。 　 　 前大戦の末期に鬼神のごとき戦いをしたＭＳ「プロヴィデンス」の流れをくむ機体。扱いやすいドラグーンを複数装備している。大気圏内ではドラグーンの無線誘導はつかえない。パイロットはレイ・ザ・バレル。 　 　 ザフトの最新機MSであり、シン・アスカの搭乗機体。新たに、遠隔地からワイヤレスでのエネルギーの供給ができるデュートリオンビーム送電システムや、VPS装甲、シルエットシステムと呼ばれる武装換装機構を取り入れている。シン・アスカは、この特徴をうまく使いフリーダムを撃破している。現在はザクウォーリアを失ったルナ・マリアの搭乗機となっている。 　 フォースインパルスガンダム ［ZGMF−X56S/α］ インパルスガンダムがフォースシルエットを装着した状態。高機動戦闘を重視した形態であり、ビームライフルとビームサーベルが主要武装。 ソードインパルスガンダム ［ZGMF−X56S/β］ ソードシルエットを装着したインパルスガンダム。そのコンセプトは接近戦仕様であり、巨大な対艦刀を2本装備している。 ブラストインパルスガンダム ［ZGMF−X56S/γ］ ブラストシルエットを装着したインパルスガンダム。砲戦意識した装備形態であり、その重武装は絶大な火力を誇る。 　 　 ザフトが停戦後に開発した新世代MS「ニューミレニアムシリーズ」の記念すべき第１期モデル。装備や武装を追加・変更することで様々な戦局面に対応することが出来る次期主力兵器。 　 　 ザフトが新たに開発したニューミレニアムシリーズMS「ザクウォーリア」の砲戦仕様。背部に高エネルギー長射程ビーム砲「M1500オルトロス」と大容量エネルギータンクを合わせた「ガナーウィザード」を装備し絶大な火力を誇る。ザクウォーリアのスタンダードカラーは緑色であるが、エース級パイロットや隊長クラスに限り、機体をパーソナル使用に変更することを許されているらしい。 　 　 ハイネ・ヴェステンフルスの乗るグフイグナイッテドとは機体色が異なり、青を基調としている。「X」ナンバーを廃し、次期ザフトの量産機として主力を担うMSである。武装など装備面に関しては、先行試作のハイネ機と変更はない。 　 　 飛行形態 大気圏内の飛行を得意とするディンの派生型。武装はそのままに、巨大なレドームを背中に備えた、空中警戒に特化したＭＳとなっている。 　 　 ザフトが誇る大気圏内の空中戦が可能な最新鋭の可変MS。ディンに変わり配備されつつある。MA形態時には攻撃力が前面に集中され、その力はディンを遥かに上回る。 　 　 ザフトの重ＭＳ、ザウートの改良型。両肩のキャノンがビーム砲に２連副砲が大型ミサイルに変更される等、ザウートに比べ火力がより強化されている。 　 　 ガンダムの運用艦として建造されたザフトの新鋭艦。デュートリオンビーム発信機を持ちインパルスガンダムにエネルギーを供給する。足自慢と呼ばれるだけあって、機動力は高く、また、多数の火器を装備し、戦闘力も高い。大気圏突入能力を持ち万能艦として、ザフトの旗艦にふさわしい能力を持つ。 　 　 装軌式の地上戦艦。レセップス級はスケイルモーター装備で、活動地域が砂漠地域のみと限定される。その点、装軌式は活動範囲が広い。上部の構造物は基本的にレセップスと同じである。